Le couvent est fondé le 22 novembre 1624, jour de la Sainte-Cécile, par les sœurs bernardines Thérèse de Buissonrond et Louise Borel de Ponsonnas, premières mères supérieures. Après la Révolution, les religieuses sont expulsées et le couvent réquisitionné par l’armée, qui l'occupe jusque dans les années 2000.
Au cours du XXe siècle, la chapelle accueille quant à elle plusieurs activités, chacune modifiant en profondeur son architecture : les services d’architecture de la ville en 1921, une salle de cinéma, un dancing, puis un théâtre au début des années 1970. En 2004, l’ensemble est acquis par les Editions Glénat pour abriter leur siège social. La restauration des bâtiments permet de retrouver leur configuration d’origine, notamment le vestibule menant au parloir avec ses anciennes grilles et la niche abritant autrefois un tour de charité (passage pour déposer les enfants abandonnés). Le portail de pierre, dont les parties hautes ont été reconstituées (niche, fronton, entablement, pots à feux, oculus), donne comme autrefois accès à la chapelle par une avant-cour à ciel ouvert. Une copie de l’ancienne porte, à deux vantaux et imposte sculptée en noyer massif, a été réinstallée.